2. Οι Ναοί του Προδρόμου και του Αγ. Χαράλαμπους, κτισμένοι στις αρχές του 19ου αιώνα, παρουσιάζουν εξαιρετικό καλλιτεχνικό και αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον.

3. Χριστός της Ιερουσαλήμ (5ος αι. μ. Χ.).
Η καλύτερα διατηρημένη και πιο εντυπωσιακή τρίκλιτη παλαιοχριστιανική εκκλησία της Καλύμνου, κτισμένη με αρχαίο οικοδομικό υλικό από το ιερό του Δηλίου Απόλλωνα.
Στον αρχαιολογικό αυτό χώρο πραγματοποιούνται συστηματικές εργασίες ανάδειξης και αξιοποίησής του.

4. Αγία Σοφία (κοντά στο Χριστό της Ιερουσαλήμ, τέλη 5ου - αρχές 6ου μ. Χ. αι.).
Επιβλητικός τρίκογχος ναός που καταστράφηκε από τον σεισμό του 554 μ. Χ. και επισκευάσθηκε στη συνέχεια.
Εγκαταλείπεται οριστικά τον 7ο αιώνα, ενώ την Υστεροβυζαντινή περίοδο ανεγείρεται μπροστά από την αψίδα του Ιερού Βήματος παρεκκλήσιο το οποίο σήμερα είναι ερειπωμένο.
Από τον εσωτερικό διάκοσμο σώζονται εντυπωσιακά πολύχρωμα ψηφιδωτά δαπέδου με ψάρια, ζώα και γεωμετρικά σχέδια.

5. Μέσα στο Κάστρο της Χώρας διατηρούνται σε καλή κατάσταση 10 εκκλησάκια, τα περισσότερα αγιογραφημένα από τοπικό εργαστήριο:
Κοίμηση της Θεοτόκου (14ος αιώνας το α΄ στρώμα, αρχές 16ου το β΄),
Άγιος Νικόλαος (αρχές 16ου αι.),
Πρόδρομος (14ος – 15ος αι. και ανακαίνιση αρχές 16ου αι.),
Άγιος Γεώργιος και Αγία Άννα (αρχές 16ου αι.),
Ανάληψη (αρχές 16ου αι.),
Αγία Παρασκευή (αρχές 16ου αι.),
Σταυρός (αρχές 16ου αι.),
Μεταμόρφωση (αρχές 16ου αι.),
Άγιος Νικήτας (αρχές 16ου αι.) και
Άγιος Γεώργιος (αρχές 16ου αι.).

2. Βυζαντινό ναΰδριο Ταξιάρχη (στο νότιο κλίτος της παραπάνω βασιλικής του Ταξιάρχη).
Μικρός ναός με εντοιχισμένα παλαιοχριστιανικά αρχιτεκτονικά μέλη στο χώρο του Ιερού Βήματος και τοιχογραφικό διάκοσμο τεσσάρων φάσεων (13ου και 14ου αι.)

3. Παλαιοχριστιανική εκκλησία Παλαιοπαναγιάς (ανάμεσα στο οχυρό Έμπολα και το φυλάκιο Φυλακές, αρχές του 6ου μ. Χ. αι.).
Η μεγαλύτερή βασιλική στο Βαθύ με τμήματα τοιχογραφιών, εντοίχια ψηφιδωτά, μωσαϊκά δάπεδα, ημικυκλική αψίδα, μεγάλη Αγία Τράπεζα, απομεινάρια σύνθρονου, συγκρότημα βαπτιστηρίου, διακονικό, κτιστή κλίμακα ανόδου σε υπερώο, υδατοδεξαμενή και διάφορα προσκτίσματα. Το α΄ μισό του 7ου αι. ο χώρος χρησιμοποιείται για ταφές νεκρών μέχρι και τη μεσοβυζαντινή περίοδο. Βορειοδυτικά της Παλαιοπαναγιάς υπάρχουν δύο παλαιοχριστιανικά υπέργεια ταφικά κτίσματα και παλαιοχριστιανική λίθινη βάση ελαιοπιεστηρίου.

4. Παναγιά η Κυρά-Χωστή, βυζαντινός ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου (κοντά στο λιμάνι της Ρίνας).
Χρονολογείται στον 11ο μ. Χ. αιώνα.
Αποτελείται από τρία διαμερίσματα.
Στο ανατολικό διατηρείται πλούσιος ζωγραφικός διάκοσμος.
Μέσα κι έξω από το ναό υπάρχουν διάφορα εντοιχισμένα παλαιοχριστιανικά αρχιτεκτονικά μέλη, προφανώς προερχόμενα από παρακείμενη βασιλική.

2. Παλαιοχριστιανική εκκλησία του Αγίου Ιωάννη Μελιτσάχα (πάνω από την παραλία Μελιτσάχας, δίπλα στο νεότερο εκκλησάκι Αγίου Ιωάννη Προδρόμου - 5ος μ. Χ. αι.).
Ερείπια μεγάλης τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής.
Προϋπήρχε εδώ αρχαίο οικοδόμημα δωρικού ρυθμού, προφανώς λατρευτικό.
Τα σωζόμενα μέρη του ναού και διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη αντανακλούν τις αισθητικές στυλιστικές τάσεις της περιόδου.
Υπάρχει ψηφιδωτό καλής ποιότητας στο νάρθηκα.

3. Το μοναστήρι του Σταυρού, κουρνιασμένο στο βουνό, πάνω από την παραλία Καντούνι, με το γνήσιο του εσωτερικό διάκοσμο, προσελκύει όχι μόνο πιστούς κατά τον εορτασμό της 14ης Σεπτεμβρίου, αλλά και περιπατητές, που απολαμβάνουν την διαδρομή καθημερινά.

4. Εξωκλήσια, όπως ο Προφήτης Ηλίας, στην ψηλότερη κορφή του νησιού, ο Αγ. Φώτης, ο Αϊ Γιώργης το Μωλαράκι, η Αγ. Φωτεινή κ.α. και μεγαλύτερες εκκλησίες όπως ο Αγ. Αντώνιος και ο Αγ. Κωνσταντίνος, δέχονται πολλούς πιστούς στον εσπερινό και ανήμερα της γιορτής τους.

5. Ο Αρχάγγελος και ο Άγιος Γεώργιος, που, λόγω της δεσπόζουσας θέσης του χρησίμεψε στην ιστορία σαν Ρωμαϊκό φυλάκιο και τώρα κοσμείται από μεγάλης αξίας τοιχογραφίες και εικονίσματα, λειτουργούν κανονικά.

6. Το συγκρότημα που αποτελεί το Μοναστήρι του Αγ. Παντελεήμονα, (17ος αιώνας) προσελκύει χιλιάδες ντόπιους και ξένους, ιδιαίτερα στην Χάρη του, και θεωρείται σαν δεύτερος Πολιούχος του νησιού, μετά (ή ίσος με) τον Άγιο Νικόλαο.
Χωμένο στο δασύλλιο του, στην πλαγιά της βορειοανατολικής μεριάς της κοιλάδας του Πανόρμου, με το εκκλησάκι του χτισμένο μέσα σε φυσική σπηλιά και την πηγή που στάζει (όπως διατείνονται κάποιοι, «γιατρεύει πληγές») πάνω από το δεξί αναλόγιο, αποτελεί το απαραίτητο προσκύνημα όσον Καλυμνίων έρχονται για διακοπές από τους τόπους μετανάστευσης τους.

2. Ναΰδριο Αγίου Χαραλάμπους.
Μικρός, παλαιοχριστιανικός, μονόχωρος ναός, προσκολλημένος στη νότια πλευρά του παραπάνω λουτρώνα.

3. Η εκκλησία του Αγίου Κωνσταντίνου στην Τέλενδο.
Βρίσκεται στο ψηλότερο σημείο του τεράστιου οχυρωμένου ομώνυμου βυζαντινού οικισμού, σε υψόμετρο 250 μ., σε ένα ιδιαιτέρως απόκρημνο σημείο. Ο χώρος αποτελεί ένα γοητευτικό κομμάτι του νησιού, που απέχει πάνω από 3 χιλιόμετρα από τον σημερινό οικισμό και προσφέρει μοναδική θέα. Το πανέμορφο ξωκλήσι, έχει ενσωματώσει την αψίδα του ιερού βήματος της παλιάς μονόχωρης βασιλικής που υπήρχε στην ίδια θέση.

4. Παλαιοχριστιανική εκκλησία Αγίου Βασιλείου (αρχές 6ου μ. Χ. αι.).
Ο μεγαλύτερος και καλύτερα διατηρημένος παλαιοχριστιανικός ναός της Καλύμνου, στο ρυθμό τρίκλιτης βασιλικής με εξάπλευρη αψίδα, νάρθηκα και προσκτίσματα. Βεβαιώνει την ακμή του μεγάλου παλαιοχριστιανικού οικισμού της Τελένδου.

5. Παλαιοχριστιανική εκκλησία Παλαιάς Παναγιάς (αρχές 6ου μ. Χ. αι.).
Μεγάλη τρίκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική με τρεις αψίδες, νάρθηκα, βαπτιστήριο, υδατοδεξαμενή και προσκτίσματα (κλιμακοστάσιο, πρόθεση, διακονικό κ.α.).
Βρίσκεται δίπλα (νότια) του Αγίου Βασιλείου.